오사마 빈 라덴이 이끄는 알 카에다 조직의 최대 후원세력은 파키스탄의 정보국 ISI였던 것으로 밝혀졌다. ISI는 알 카에다와 탈레반의 유착을 못 본 척 눈감아 주었으며 알 카에다의 훈련캠프를 인도에 파견할 자국 비밀 공작원들의 훈련소로 활용했다. 인도를 주적으로 꼽고 있던 ISI는 카시미르 지역의 인도 반군들을 지원하기 위해 알 카에다와 손을 잡았던 셈.

미국이 알 카에다와 ISI의 밀착관계를 확인한 것은 98년 8월의 일이었다. 탄자니아와 케냐의 미국대사관 폭파사건의 배후로 빈 라덴을 지목한 미국은 당시 알 카에다 훈련 캠프에 미사일 공격을 퍼부었는데 사망자들 가운데 상당수에 달하는 ISI 요원들의 시신이 섞여 있었던 것.

ISI와 알 카에다, 카시미르 반군 사이의 ‘삼각동맹’을 눈치챈 백악관 비밀경호실은 지난해 빌 클린턴 대통령이 파키스탄 방문계획을 밝히자 신변안전 문제를 들어 강력한 반대의사를 밝혔으나 받아들여지지 않았다. 그러나 ISI로부터 클린턴 대통령의 여행경로와 시간을 입수한 알 카에다의 암살공작이 있을 것에 대비, 경호실은 대통령이 전용기에 탄 것처럼 위장한 후 다른 비행기에 클린턴 대통령을 탑승시키는 비상조치를 취했으며 육로 이동과정에서도 도중에서 차를 바꿔 타게 하는 등 만일의 사태에 대비했다.

9·11 테러사건 이후 탈레반에 등을 돌리고 미국을 지원하기 시작한 페르베즈 무샤라프 파키스탄 대통령이 가장 먼저 ISI의 하메드 걸 장군을 경질한 것도 이같은 맥락에서다.