아프가니스탄에 파견된 미군은 지금까지보다 앞으로 더 큰 위험에 직면하게 될 것이라는 우려가 일고 있다. 워싱턴포스트는 18일 전문가들을 인용, 아프간 병력이 패주하는 알 카에다와 탈레반 잔당을 소탕하는데는 한계가 있으며 결국 미지상군이 부비트랩과 지뢰가 설치된 산악동굴과 오지를 수색하는 일을 맡아야 할 것이라면서 "아프간 전쟁은 이제 정말로 시작"이라고 지적했다.

도널드 럼스펠드 미국방장관도 "상당수의 탈레반과 알 카에다 잔존병력이 아직도 무장한 채 흩어져 있다. 이들을 찾아내 체포하거나 항복하도록 만드는 과정에서 사상자가 발생할 것"이라고 경고했다.
종전단계의 위험한 수색작업 대부분은 미·영국군이 맡아야 할 것으로 보는 전문가도 많다.

후바 바스 데 체게 전 육군준장도 "아프간 반탈레반 동부동맹이 우리만큼 빈 라덴 체포에 생명을 걸겠느냐?"고 반문했으며 군사학자 윌리엄슨 머레이도 "미군병력이 직접 산악지대에 투입돼 빈 라덴을 제거해야 할 것"이라고 밝혔다.

그러나 아프간 전쟁 전문가 알리 아흐마드 잘랄리는 "직접적인 교전 단계는 이미 끝났으며 미이 할 일은 외국인으로 눈에 띌 수 밖에 없는 알 카에다 잔당에 대한 신고를 받고 출동해 이들을 체포하는 것"이라며 상반된 의견을 나타냈다.

잘릴리는 파키스탄으로 탈출한 알 카에다 세력이 국경지대에서 미군이나 미국인 구호요원들을 납치 또는 저격하는 상황도 만만찮은 위협이라고 지적했다.